Akbar hanya berumur 13 tahun ketika menjadi maharaja. Maka, general beliau telah memangku tugas memerintah sehingga beliau dewasa. Pemangku maharaja ialah Bairam Khan, seorang bangsawan Syiah Turkoman yang telah berjaya menyelesaikan masalah pertikaian tentang takhta dan meningkatkan disiplin di kalangan tentera Mughal. Beliau memastikan yang kuasa pemerintah sentiasa dipusatkan dan mampu untuk mengembangkan sempadan empayar dengan arahan dari ibu kota. Langkah ini diambil untuk memperkukuhkan Empayar Mughal yang baru sahaja pulih.

Penghormatan yang diberi kepada pemangku raja itu, bukanlah secara keseluruhan. Ramai orang telah merancang plot untuk membunuhnya. Banyak penulisan telah mengkritik beliau, terutama dari segi agamanya. Kebanyakan yang tinggal di istana adalah Sunni, Bairam pula adalah seorang Syiah. Justeru itu, beliau tidak disukai oleh orang kebanyakan. Bairam maklum tentang hal ini dan melantik seorang syeikh Syiah, Gadai sebagai ketua pentadbiran, satu daripada peranan yang agak penting di dalam empayar. Malahan, Bairam kelihatan agak bermewah-mewah dan berlebih-lebihan dalam kehidupannya berbanding Akbar.

Antara yang paling kuat menentang Bairam adalah Maham Anga, ibu saudara Akbar, ketua jururawat dan juga ibu kepada saudara angkatnya, Adham Khan. Maham bijak dan berharap untuk memerintah secara proksi melalui abang Akbar, Adham Khan. Kedua-duanya telah meminta Akbar untuk datang ke Delhi untuk menziarahi mereka pada Mac 1560 dan meninggalkan Bairam di ibu kota, Agra. Di sana beliau telah didesak oleh orang ramai untuk mengambil alih kuasa memerintah empayar dan juga memecat Bairam. Beliau dipujuk untuk memberikan belanja kepada Bairam untuk menunaikan haji di Mekah, sebagai salah satu langkah pemencilan. Bairam terkejut apabila mendengar khabar itu, tetapi tetap setia kepada Akbar walaupun Akbar enggan untuk menemui beliau. Bairam juga diberi pendapat oleh komander-komandernya supaya bertolak ke Delhi untuk "menyelamatkan" Akbar.

Bairam bergerak menuju ke Mekah, tetapi telah ditemui oleh pasukan askar yang dihantar oleh Adham Khan, yang telah diberi kebenaran oleh Akbar; bertujuan untuk mengiringinya keluar daripada wilayah Mughal. Bairam bagaimanapun melihat ini sebagai satu ancaman, lalu menyerang mereka. Namun begitu, Beliau telah ditewaskan dan dihantar sebagai seorang pemberontak ke Akbar untuk dijatuhkan hukuman. Bairam, seorang genius yang telah membantu Mughal mendapatkan semula wilayah-wilayah mereka, juga telah berkhidmat kepada Humayun dan Akbar, telah dihadapkan kehadapan Akbar sebagai seorang banduan. Maham Anga mendesak Akbar supaya menjatuhkan hukuman bunuh ke atas Bairam, namun perkara yang sebaliknya telah berlaku. Bairam telah diberikan penghormatan, diberi jubah kemuliaan dan Akbar bersetuju untuk membiayai perbelanjaan haji beliau. Bagaimanapun, tidak lama selepas Bairam bertolak ke Mekah, ketika sampai di bandar pelabuhan Khambat, beliau telah menjumpai seorang Afghan yang bapanya telah terbunuh lima tahun dahulu dalam satu pertempuran yang dipimpin oleh Bairam. Melihatkan ini sebagai satu-satunya peluang untuk membalas dendam, dia dengan segera menikam Bairam, yang akhirnya meninggal dunia pada 31 Januari 1561.